Zastępca Dyrektora ds. Inspekcji Morskiej	Zastępca Dyrektora ds. Technicznych	Zastępca Dyrektora ds. Oznakowania Nawigacyjnego
Wydział Finansowo-Księgowy	Inspektorat Bezpieczeństwa Żeglugi	Inspektorat Ochrony Wybrzeża	Wydział Oznakowania Nawigacyjnego
Wydział Prawno-Organizacyjny	Inspektorat Ochrony Środowiska Morskiego	Wydział Gospodarki Przestrzennej i Geodezji	Wydział Pomiarów Morskich
Wydział Spraw Pracowniczych	Wydział Dokumentów Marynarzy	Wydział Techniczno-Inwestycyjny	Wydział Energetyczny
Wydział Współpracy Międzynarodowej i Funduszy Unijnych	Kapitanat Portu Szczecin	Wydział Dróg i Budowli Morskich	Wydział Elektroniki i Łączności
Biuro Spraw Obronnych Żeglugi	Kapitanat Portu Świnoujscie	Wydział Zaopatrzenia i Transportu	Baza Oznakowania Nawigacyjnego w Szczecinie
Zespół ds. Systemu Zarządzania Jakością	Kapitanat Portu Dziwnów	Wydział Administracyjno - Gospodarczy	Baza Oznakowania Nawigacyjnego w Świnoujsciu
Biuro Dyrektora Urzędu	Kapitanat Portu Trzebież	Wydział Technologii Informatycznych
Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych		Zespół ds. Inwestycji Unijnych I
Zespół ds. BHP i Ochrony Przeciwpożarowej		Zespół ds. Inwestycji Unijnych II
Samodzielne Stanowisko ds. Audytu Wewnętrznego
Samodzielne Stanowisko ds. Kontroli Wewnętrznej